这样一来，1935年后实际上在印尼已经没有一家真正意义上的华人航运公司，只有荷兰皇家邮船公司和海峡汽船公司的分公司或者合作伙伴。这些完全处于荷兰皇家邮船公司和海峡汽船公司的霸权垄断下，轮流被荷兰和英国大型航运企业联合管理控制。协荣茂汽船公司和顺美轮船公司的大部分股票由荷兰皇家轮船公司持有，协荣茂汽船公司五艘船和顺美汽船公司三艘船全部移交至荷兰皇家邮船公司。根据与荷兰皇家邮船公司的合约，巨港的轮船公司（LoenTjoen）和占卑的联华公司分别只运营一艘船只，还给当地的中国商会缴纳补助费。在坤甸，同益公司向荷兰皇家邮船公司借贷，这样根据联营协定就能继续营业。从1940年开始，昆华（KhoenHoea）号船，公司唯一
　　的一艘船也被荷兰皇家邮船公司长期借去了（KPM，1939）。在马辰，振隆贸 易 公 司（Handel Mij TjinLiong）与新加坡的益隆兴公司（Ek LiongHin）合作，共同运营万和源号（Ban Ho Guan）。1935年从荷兰皇家邮船公司通过抵押购入了一艘替换的船，与荷兰皇家邮船公司和协荣茂汽船公司签订了五年的联营协定，共同运营从泗水-马辰-新加坡的航线，向马辰的同乡会缴纳捐款（KPM，1935-1936）。
　　然而，这种殖民地贸易的不平衡状态也没有太损害华人的利益。从商业的角度来看航海业只是华人的补充产业。20世纪30年代，在这种状态之下，商人能够享受进出口贸易的稳定，船东也能有所盈利，华人社会从中得到回馈。接着日本加入印尼群岛的航运业。
　　印度尼西亚独立与新加坡
　　1942年2月到3月，日本的进攻导致荷兰皇家邮船公司和海峡汽船公司的航运霸主地位不保，从此一蹶不振。欧洲员工们都被关押到集中营，两家公司的大部分船只都被击沉或者没收，在巨港、占卑以及坤甸的三家华人公司都饱受日本铁蹄的侵害。同益公司的经理连同董事会成员甚至被杀害，公司的档案也被毁坏（KPM，17/5/46，27/2/ 47）。战后没有一家公司能恢复航运事业，尽管有几名成员希望用自己账户的名义去尝试，但没有成功。
　　日本船只用于军事目的，因被同盟国舰队击沉，于是宣布投降。当地的交通运输暂时就由居民的小型帆船或小型马达船负责。这也让那些勇敢开拓的年轻人积累了航运的经验。日本在1945年8月投降后，这部分年轻人从复苏的贸易中赚到了本金。从1947年1月开始，荷兰实行严厉海禁，这是其中一个为了阻挠印尼独立的措施。这些商人依靠新加坡跨国走私货物赚取更多金钱，为印尼的独立斗争赚取外汇和武器、物资（Twang，1998）。因为英国也希望通过出口橡胶得到美元外汇，因此新加坡的英国当局政府把剩下的战船以低廉的价格出租或出售给这些印尼商人。这就是为什么涌现的航运公司都是华人的公司。其中大多数公司只是昙花一现，也有部分公司很快成为知名企业。荷兰皇家邮船公司和海峡汽船公司又再次同这些公司合作，帮助他们翻新剩下的船只，更换在战争中失踪的船只，但是他们再也恢复不了往日航运霸主的地位，不过荷兰皇家邮船公司在印尼东部的航线仍然有优势，因为这些航线长且货物又很少。
　　在日本占领前，贸易领域和当地航运最大的利润来源于橡胶。战争爆发后，美国汽车工业对橡胶的需求有所增长，因此橡胶商人把生意扩大到航运业。新加坡和槟榔屿有许多有限公司都登记着“航运”和“贸易有限公司”的字样，这就可以看出来航运生意在新加坡发展势头良好。英国政府采取放任主义（Laissez-Faire），管理也比较宽松可从悬挂英国国旗和适用英国法律中获得好处。相反，对于爪哇以外的商人来说，特别是像巨港、占卑、坤甸的这样港口，当地的管理政府软弱无能，被军队把持局面。尤其是1958年苏门答腊和印尼东部相继爆发军事冲突，5年后又发生印尼针对马来西亚的封锁和对抗，军政府更是牢牢掌控局势。
　　1963-1965年，新加坡曾短暂成为马来西亚联邦的联邦州。此前登记在印尼的船东纷纷再次油漆他们的船只，更改名字、注册港口和旗帜（一般悬挂巴拿马国旗），就像以前一样做生意，收买了陆军和印尼海军，让他们睁一只眼闭一只眼。1966年中，新加坡和印尼之间的贸易重新开放，逐步恢复正常，新加坡河（Singapore River）和驳船（BoatQuay）船埠仍然是新加坡和印尼的贸易中心。直到80年代，专门的集装箱码头取代了它们的地位。集装箱化意味着用集装箱装载货物，1972年远洋航运公司把集装箱引进新加坡，80年代推广到区域航运也使用集装箱，所以传统的常规船基本用不上了。
　　在新加坡的印尼籍船主中，有四个是比较突出的。祺福船务公司（KieHockShipping）（郑家，KeluargaTay）和源源船务公司（GuanGuanShipping）（张家，KeluargaThio）是第一家称得上独立的船运公司。不像黄敏公司、建源或者协荣茂汽船公司都是为商业贸易服务的，和丰汽船公司只是和丰集团的一小部分。另外两个人物是唐裕（TongDjoe，敦那士集团，TunasGroup）和罗新权（RobinLoh，罗宾集团，Robina Group，益南，Ednasa）这两家所有的船只是与印尼国家石油公司签订的合约的一部分。
　　祺福船务公司是郑氏的家族企业，包括有郑祺福（Tay KieHock）（1946年去世），郑祺泰（TayKieThay）（1961年在新加坡被绑架撕票），郑福源（Tay HockGoan/Gwan）。他们是客家人，20世纪20年代左右随同父母移民到巨港。日本占领期间，他们在爪哇和巨港之间做买卖。在新加坡时，郑福源管理着泰兴源公司（ThyeHin Guan）。1946年郑福源在新加坡成立了海川船运公司（Hai ChuanShippping）购买了一些战后残存的小型船只，在印尼进行走私和贸易活动（Twang，1998）。1950年9月祺福船务有限公司在新加坡注册，迅速取代协荣茂汽船公司成为新加坡和爪哇间著名的华人航运公司。在张允中（Y.C.Chang或写作TeoWoonTiong，1918年出生于福建金门，1937年前往新加坡）的领导下，1956年开通了大型船开往中国和日本的航线。 （原载《华人在印尼民族建设中的角色和贡献（第三册）》。本篇未完待续）